El municipio cuenta con una variedad de atractivos naturales que a continuación se muestran:

Las Tierritas

Es un deslave de piedra que tiene propiedades para la limpieza de ciertos utensilios de casa y sirve como atractivo por sus pendientes y su composición. Se encuentra en la misma área del barrio de San Pedro.

La Cueva de los Indios

Es una depreciación en forma de cueva se cree que los indígenas la utilizaban como centro ceremonial y posteriormente en la Cristiada, fue escenario de enfrentamientos, escondite de tesoros y ahora un atractivo natural, se ubica al poniente del municipio en el Cerro Colorado a 4 kilómetros de la cabecera, del cerro se origina un arroyo que con el paso del tiempo ha formado orificios a los que llaman pilas y que tiene agua fresca durante todo el tiempo.

La Piedra Rayada (petroglifo)

Es un bajo relieve en piedra aproximadamente de dos metros por uno, que se ubica en las cercanías de Huejúcar y que a la fecha no se sabe el significado de los jeroglíficos que se en encuentran en ella y que probablemente fueron hechos por una cultura aborigen. Se encuentra el arroyo de Ayo y tal vez sea el eslabón que dé a Huejúcar la fecha exacta de su fundación.

La Canterera

Es una veta de cantera blanca que se ubica al noroeste de la población a la altura de la piedra rayada y de ese lugar se extrajo la mayor parte de la cantera con la que fueron construidas las viviendas de las familias pudientes de aquella época. A un lado se encuentra otra veta pero de piedra bruta para trabajos de mompostería o cimientos y por su característica constituye un atractivo turístico para los visitantes.

Los Pedernales

Es una región montañosa y boscosa donde se originan las precipitaciones pluviales que producen las lluvias de esta región y su relieve accidentado ofrece vetas de diferentes minerales y bellas piedras llamadas pedernales que se pudieran utilizar en la elaboración de diferentes productos artísticos. El cañón ofrece hermosos paisajes, su flora es vegetación sin espinas, su agua es azul y su fauna es variada; coyotes, venados, jabalí, conejo, etc.

Cerro Colorado

Se localiza al poniente de la población con una altura aproximadamente de 2050 metros sobre el nivel del mar. Se encuentra un mirador natural donde se observa el paisaje de Huejúcar y todas sus comunidades, Tepetongo, La Serranía y por la noche la silueta del cerro de Zacatecas. La fauna que se encuentra es venado, leopardo, coyote y aves migratorias. Su vegetación es encino, roble y cactáceas.

Tepezala

Es una zona de área verde que deja el cauce de la presa Achimec ubicada al sur de la cabecera a un kilómetro del poblado y sus sauces hacen de ese lugar el favorito de todas las personas para acampar, comer. Jugar, montar a caballo y hasta practicar deportes de pasto. Gran parte del lugar lo constituye un arbusto llamado jaral que es característico de las zonas húmedas.

Los Conos

Lugar de esparcimiento y recreatividad campirana, se ubica al poniente de la población a 3 kilómetros Es un terreno particular que en el centro tiene un pequeño manantial que irriga permanentemente esta región y es un aguaje muy propio de esos terrenos, no falta en la agenda escolar.

El Mirador

Es un terreno natural, al borde de la comunidad de la Mesa de María de León, se ubica en la Región de los Altos y de ese lugar se domina la región del cañón de Huejúcar. Es un atractivo turístico obligado para el turismo. De este lugar se aprecia el resplandor de las ciudades de Guadalajara y Aguascalientes en una noche tranquila.

Presa "Atotonilco"

Tiene un manantial de aguas termales.

Presa "Achimec"

Se ubica a 3 kilómetros al sur. Se puede pescar bagre, trucha y tilapia, en las orillas se ven árboles de mezquite y en temporadas patos silvestres.

La Presita

Es una alberca construida rústicamente de 20 por 50 metros y de su lecho emana agua cristalina durante todo el año y riega gran parte de las parcelas que se cultivan en el barrio de San Pedro, haciendo de esta comunidad una de las más atractivas por su panorama. Por las orillas de las acequias crecen grandes alcatraces y los habitantes del lugar, cultivan hortalizas y peces de diferentes especies para el consumo y para el comercio.

Los Chorros

Perforación natural por la fuerza del agua de un pequeño arroyo que nace en los terrenos de la región de la cal, por ello se llama arroyo de la cal. Durante la época de lluvia crece y origina una hermosa cascada de 3 metros de altura es un atractivo turístico.

Atotonilco

Palabra náhuatl que significa "agua caliente que cura" existe desde 1220, fecha en que fue descubierto por los primeros habitantes de las aldeas de Achimec, Tlalcosahua y Ayotlán. Luego en los veneros de agua caliente mandaron construir una laguna y casa pasajeras para protección y descanso. Hoy Atotonilco es una agencia municipal que cuenta con luz eléctrica, alumbrado público, agua entubada, caminos vecinales, templo, escuela y comercio. Sobre todo es un lugar turístico del municipio por sus aguas termales que atraen a personas de la región. El día 13 de junio se festeja la fiesta patronal del lugar y las personas residentes en otros lugares se dan cita ese día para festejar a San Antonio especialmente el sector femenino a solicitar el milagro de conseguir novio.